乙肝疫苗的基本免疫程序是在婴儿 0、1 和 6 个月时分别接种第 1、2 和 3 针。人群年龄越小，感染乙肝病毒后成为乙肝表面抗原（HBsAg）持续携带者的几率就越高。例如，在 1 岁以内感染乙型肝炎的儿童中，90% 以上会成为病毒的慢性携带者，而在 7 岁或以上的人群中，只有 10%会成为病毒的慢性携带者。
因此，为婴幼儿接种乙肝疫苗非常必要。
乙型肝炎病毒易感人群也是疫苗接种的目标人群。哪些人容易感染乙型肝炎病毒？如果在免疫接种前进行了乙型肝炎病毒相关指标检测，证明从未感染过乙型肝炎，那么这个人就是乙型肝炎病毒的易感人群。由于乙型肝炎病毒的传播途径主要是母婴传播、血液传播和性传播，因此阻断上述途径的传播就显得尤为重要，而那些有可能通过上述途径感染乙型肝炎病毒的人就更有必要接种乙型肝炎疫苗。
如果孕妇HBsAg阳性，新生儿应接种大剂量乙肝疫苗，以更好地阻断母婴传播；如果夫妻一方是乙肝患者或HBsAg携带者，另一方也应接种乙肝疫苗，以免因密切接触而被感染。如果要医院接受器械检查或手术治疗，为防止医源性传播，不妨也接种乙肝疫苗，争取做到 “有备无患”。
接种乙肝疫苗前最好先检查乙肝三项指标：乙肝表面抗原（HB-sAg）、乙肝表面抗体（抗-HBs）和乙肝核心抗体（抗-HBc）。很多家长不解的是，孩子出生时接种了乙肝疫苗，但孩子入托时却发现血液中的乙肝三项指标均为阴性，孩子才 3 岁，抗体怎么就消失了呢？乙肝疫苗可以持续多长时间？
从目前大量的观察结果来看，接种乙肝疫苗后，体内的抗体水平可以维持10年左右。关于接种人群在完成基础免疫后何时加强免疫的问题，国家有关部门尚未确定，学术界对此也有不同看法。北京市结合自身的具体情况，目前建议对12至13岁的中学生进行加强接种，学生只需接种1针重组（酵母）乙肝疫苗5μg即可。
据观察，新生儿在接种基础疫苗后 1 年内，约有 10%的保护性抗体呈阴性，成人的阴性比例更高。目前，解决这一问题的主要方法包括加强注射、增加注射剂量或增加接种次数等。尽管如此，仍有 20%至 30%的人检测不到抗体。现在一般的做法是，如果接种对象是乙肝密切接触者，尤其是母亲为 HBsAg 阳性的儿童，加强接种需要按照 0、1、6 个月的程序连续注射 3 次，每次 10 微克；如果是普通人群，加强注射 5 微克疫苗即可。
如果加强注射后保护性抗体仍为阴性，那么对于母亲为 HBsAg 阳性的儿童可以适当再次接种，有专家表示，这类儿童的加强注射次数不宜过多；而对于普通人群，则没有必要再次进行注射。最新研究表明，HBsAg阴性母亲的新生儿在全程接种乙肝疫苗后，再次感染的几率非常低，10至11年后再次感染的几率仅为0.72%。
有些人在接种乙型肝炎疫苗后不久就被发现感染了乙型肝炎。接种乙型肝炎疫苗会导致乙型肝炎吗？
一般来说，接种乙肝疫苗不会引起乙肝。仅从北京市来看，至今累计接种已达100多万人次，尚未发现因接种疫苗引起乙肝发病或导致HB-sAg阳性的直接证据。
有些人接种乙肝疫苗后发现 HBsAg 阳性和抗-HBc 阳性，可能与以下因素有关： 如果在接种乙肝疫苗前没有进行乙肝三项检测，他们可能在接种疫苗前就已经感染了乙肝病毒，而在接种乙肝疫苗后发现 HBsAg 阳性时，他们会误认为是疫苗的原因； 有些人进行了乙肝病毒抗体检测，结果正常，但不能完全排除感染乙肝病毒的可能，因为如果检测时处于病毒感染的潜伏期（约半年左右），检测结果也可能是 “阴性”。
也有少数人在完成全程免疫后，因免疫失败而感染乙肝病毒，但这种情况相对较少。一般来说，接种乙肝疫苗后感染乙肝病毒，大多是由于在完成全程接种后的 6 个月内，机体尚未产生抗体或产生的抗体水平相对较低，此时机体不幸感染了乙肝病毒。
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